马尼托巴的第一所学校成立于1818年，位置在今天的温尼伯，由罗马天主教传教士设立；第一个新教学校成立于1820年。 1871年建立了省教育委员会；代表天主教学校和新教学校负责公立学校和教学大纲。马尼托巴的教育问题在于支持法语天主教学校的资金大部分被撤回，多数资金用于支持使用英语的新教学校。 1916年颁布了立法，规定为7至14岁的儿童必须接受义务教育，1962年义务教育年限提高到16岁。

马尼托巴的公立学校分布在三十七个学区，受省教育厅的监管（除了马尼托巴原住民学校之外，由联邦政府管理）。公立学校使用法语或英语的教学大纲。马尼托巴有六十五所受资助的独立学校，包括三所寄宿学校。 这些学校必须遵循马尼托巴省的教学大纲，并达到马尼托巴省的其他要求。其他四十四所非资助的独立学校，则不需要达到这些标准。

马尼托巴有五所大学，由高等教育厅监管。 这些大学中有四所位于温尼伯：

马尼托巴大学，规模最大，学科最全面；
温尼伯大学，一所文理学院，主要集中在市中心的本科学习；
圣波尼法斯大学，该省唯一的法语大学；
加拿大门诺大学，一个以宗教为基础的机构。
圣博尼法斯(Université de Saint-Boniface)大学，成立于1818年，现隶属于马尼托巴大学，是加拿大西部最古老的大学。
布兰登大学，成立于1899年，位于布兰登，是省内唯一不在温尼伯的大学。

马尼托巴有三十八个公共图书馆，其中十二个有法语藏书，还有八个有其他语言的重要藏书。其中二十一个属于温尼伯公共图书馆系统的一部分。马尼托巴省的第一家图书馆成立于1848年。